Производи

Неодамна објавивме дека пирен нуклеотид е преференцијално вметнат спроти абазичното место, 3'-T на димерот на тимин и повеќето неоштетени бази од квасец ДНК полимераза eta (pol eta).Бидејќи пиренот е неполарна молекула без способност за H-поврзување, невообичаено високата ефикасност на вметнувањето dPMP се припишува на неговата супериорна способност за натрупување на базите и ја нагласува важноста на натрупувањето на базите при изборот на нуклеотиди по пол eta.За да ја истражиме улогата на H-врзувањето и геометријата на базните парови во изборот на нуклеотиди со пол ета, ја утврдивме ефикасноста на вметнување на базно модифицираните нуклеотиди 2,6-диаминопурин, 2-аминопурин, 6-хлоропурин и инозин кои би направи различен број на H-врски со основата на шаблонот во зависност од геометријата на базните парови.Се чини дека спарувањето на базите Вотсон-Крик игра важна улога во изборот на нуклеотидни аналози за вметнување спроти C и T, што е потврдено со намалувањето на релативната ефикасност на вметнување со намалување на бројот на Ватсон-Крик H-врски и зголемување на бројот на интеракции донатор-донатор и прифаќач-примач.Селективноста на вметнувањето на нуклеотидите е поголема спроти 5'-T отколку 3'-T на димерот на тимин, во согласност со претходната работа што сугерира дека 5'-T се држи поцврсто од 3'-T.Понатаму, се чини дека вметнувањето на А наспроти двата Т на димерот е посредувано од спарувањето на базите Вотсон-Крик, а не со спарувањето на базите на Хогстин врз основа на речиси идентичните ефикасности на вметнување на А и 7-деаза-А, од кои на вториот му недостасува H- способност за поврзување на N7.Релативната ефикасност за вметнување на нуклеотиди кои можат да формираат базни парови Вотсон-Крик се паралелни со оние за фрагментот Кленов, додека фрагментот Кленов посилно ги дискриминира несовпаѓањата, во согласност со неговата поголема селективност на обликот.Овие резултати ја нагласуваат важноста на H-врзувањето и геометријата на базните парови Вотсон-Крик во изборот на нуклеотиди и од страна на pol eta и од фрагментот Klen ow, и помалата улога на изборот на обликот при вметнување со pol eta поради неговата поотворена и помалку ограничена активна локација.