Производи

Анализата на настаните на фосфорилација на ниво на протеом сè уште е главен аналитички предизвик поради огромната сложеност на мрежите за фосфорилација на протеините.Во оваа работа, ја оценуваме комплементарноста на Lys-N, Lys-C и трипсин во однос на нивната способност да придонесат во глобалната анализа на фосфопротеомот.Употребена е рафинирана верзија на силна размена на катјони со ниска pH вредност за ефикасно одвојување на N-терминално ацетилирани, фосфорилирани и немодифицирани пептиди.Вкупно 5036 непотребни фосфопептиди може да се идентификуваат со стапка на лажно откривање <1% од 1 mg протеин користејќи комбинација од трите ензими.Нашите податоци открија дека преклопувањето помеѓу збирките на податоци на фосфопептиди генерирани со различни протеази беше маргинално, додека преклопувањето помеѓу две слично генерирани триптични групи на податоци беше најмалку 4 пати поголемо.На овој начин, паралелната употреба на Lys-N и трипсин овозможи 72% зголемување на бројот на откриени фосфопептиди во споредба со d само со трипсин, додека експериментот со репликација на трипсин доведе до само 25% зголемување.Така, кога се фокусиравме исклучиво на податоците за трипсин и Lys-N, идентификувавме 4671 непотребни фосфопептиди.Понатамошната анализа на откриените места покажа дека множествата на податоци Lys-N и трипсин се збогатени со значително различни мотиви на фосфорилација, дополнително докажувајќи дека пристапите на мултипротеази се многу вредни во анализите на фосфопротеомите.